Trong Nghĩa trang có 1913 ngôi mộ, tuy nhiên chỉ có 05 ngôi mộ Liệt sỹ đặc biệt được thiết kế tôn tạo riêng hài hòa hợp với cảnh trí thiên nhiên, gây ấn tượng tưởng niệm sâu lắng.
Nghĩa trang Hàng Dương rộng 190.000m2, gồm 3 khu : khu A, khu B và khu C. Theo số liệu ước định có khoảng: 20.000 tù nhân đã chết ở Côn Đảo:
- Khu A: Gồm 688 ngôi mộ (có 7 mộ tập thể) trong đó 91 mộ có tên và 597 mộ khuyết danh. Đa số các phần mộ từ năm 1945 trở về trước. Nơi đây có mộ của liệt sĩ cách mạng Lê Hồng Phong và nhà yêu nước Nguyễn An Ninh.
- Khu B: Gồm 695 ngôi mộ (có 17 mộ tập thể) trong đó 276 mộ có tên và 419 mộ khuyết danh. Đa số các phần mộ từ năm 1945 đến 1960. Nơi đây có mộ của nữ anh hùng Võ Thị Sáu và anh hùng Cao Văn Ngọc.
- Khu C: Gồm 373 ngôi mộ (có 1 mộ tập thể) trong đó 332 mộ có tên và 41 mộ khuyết danh. Đa số các phần mộ từ năm 1960 đến 1975. Nơi đây có mộ của anh hùng Lê Văn Việt.
- Khu D: Gồm 157 ngôi mộ, trong đó 14 mộ có tên và 144 mộ khuyết danh. Đặc biệt mộ khu D được quy tập các mộ từ Hòn Cau và Hàng Kẹo về.
Nhà cách mạng Nguyễn An Ninh
Mộ Nguyễn An Ninh (1900-1943) là nhà cách mạng ở đầu thế kỷ 20 – một Chí sĩ yêu nước bị Pháp bắt tù và bị chết ở đây. Mộ nằm ở Khu A ( lớp mộ trước năm 1945). Trước khi nâng cấp, ngôi mộ đã được xây khá đẹp bằng gạch vữa. Khi tôn tạo giữ nguyên hình dáng bia mộ cũ với dòng chữ ” Liệt sĩ chi mộ), tôn tạo tường rào, sân mộ, cảnh quan xung quanh.
Ủy viên Quốc tế Cộng sản Lê Hồng Phong
Mộ Ủy viên Quốc tế Cộng sản Lê Hồng Phong nằm xa nhất thuộc khu A. Trước khi nâng cấp mộ đã được xây bằng gạch có bia bằng xi măng. Khi tôn tạo, xây dựng mới hoàn toàn từ thân mộ ốp bằng đá Granít, bia mộ, sân, hàng rào.
Anh hùng Cao Văn Ngọc
Mộ Anh hùng Cao Văn Ngọc (1897-1962; biệt danh “ ông già chuồng cọp”) nằm ở khu B (đa số mộ từ 1945-1960) được tôn tạo xây dựng bổ sung năm 1999 sau khi đươc truy tặng Anh hùng ngày 16/12/1998.
Anh hùng Lê Văn Việt
Mộ Anh hùng Lê Văn Việt (1937-1966). Lê Văn Việt là một biệt động Sài gòn bị bắt khi tấn công Đại sứ quán Mỹ 1965, đày ra Côn Đảo và hy sinh tại đây. Lê Văn Việt được phong tặng danh hiệu Anh hùng LLVT ngày 20/12/1994). Trước khi tôn tạo đã được xây đơn sơ và có bia mộ mang tên Nguyễn Văn Hai. Khi Lê Văn Việt được truy tặng Danh hiệu AH, UBND thành phố Hồ Chí Minh đề nghị được tôn tạo, nhưng Ban QL Công trình không đồng ý mà chỉ xây dựng theo mẫu của Thiết kế đã được duyệt.
Nữ anh hùng Võ Thị Sáu
Chị Võ Thị Sáu (1933-1952 tham gia vào các hoạt động bí mật ở địa phương từ năm 12 tuổi. Năm 1950, Võ Thị Sáu bị địch bắt.. Tòa án Binh của Pháp kết án tử hình chị vào tháng 4 năm 1951, dù chị lúc này mới 16 tuổi. Chị bị lén lút xử bắn vào 7 giờ sáng ngày 13 thắng 01 năm 1952, tại Côn Đảo. Bọn cai ngục lấp xác chị trong bãi cát ở Hàng Dương.
Truyền thuyết cũ:
Do “cảm phục” Võ Thị Sáu, ngay tối hôm 23/1, kíp tù làm thợ hồ ở khám 2, banh I đã tìm cách đúc một tấm bia bằng ximăng đề rõ họ tên, quê quán, ngày chết đặt ở đầu mộ. Sáng hôm sau hay tin, sĩ quan chỉ huy ngục Côn Đảo là Jarty đích thân dẫn lính đến đập nát tấm bia, san bằng ngôi mộ. Nhưng những người còn đi làm khổ sai vẫn lén giấu từng nhúm xi măng để dựng lại bia, đắp lại mộ Võ Thị Sáu.
Năm 1960, Tăng Tư ra Côn Đảo nhận chức Phó tỉnh trưởng Côn Đảo, vợ ông này đang mắc bệnh nan y. Nghe chuyện về Võ Thị Sáu, ông này âm thầm lập bàn thờ Võ Thị Sáu trong nhà. Năm 1964, Tăng Tư lên chức Tỉnh trưởng, bà vợ khỏi bệnh. Vợ chồng Tăng Tư liền làm lễ tạ và gieo quẻ xin phép được trùng tu ngôi mộ của Sáu. Rồi vợ Tăng Tư về ngay Chợ Lớn đặt tấm bia có khắc rõ là: “Liệt nữ Võ Thị Sáu sinh năm 1933 tại Bà Rịa, mất ngày 23/1/1952”và tổ chức buổi lễ long trọng đặt bia trên mộ Chị. Bia cũ do những người thợ hồ đúc vẫn để nguyên.
Truyền thuyết lan truyền rằng: “Cô Sáu rất linh thiêng, không ai có thể đập phá được mộ của cô”, và những ai trực tiếp chỉ huy phá mộ thì vài hôm sau đã chết “bất đắc kỳ tử”, hoặc khùng khùng điên điên. Cũng từ đây, người trên đảo khi nhắc tới điều gì đều không thề: “Có trời đất quỷ thần”, mà thề: “Có cô Sáu chứng giám”.
Truyền thuyết tương tự còn nhiều với những tên tuổi nhân vật cụ thể.
Và câu chuyện của chúng tôi.
Khi tôn tạo mộ Chị sẽ phải đập bỏ phần vỏ mộ được Chúa đảo Tăng Tư xây dựng từ năm 1964 để xây vỏ mộ mới. Chúng tôi cũng sẽ phải “động” đến mộ Chị. Liệu những truyền thuyết kia có ứng nghiệm với chúng tôi không ?
Trước khi động thổ, chúng tôi cũng thắp hương báo cáo với Chị : “Xin phép Chị cho chúng tôi xây lại Chị một ngôi nhà mới khang trang hơn. Mong Chị phù hộ cho chúng tôi”
Nhóm thợ xây dựng cũng chọn người thợ cao niên nhất đùng búa đập mộ cũ. Tất cả chúng tôi nín thở chờ đợi nhưng không thấy việc gì xảy ra. Việc xây dựng diễn ra thuận lợi. Mặt mộ được ốp bằng một tấm đá Granit đỏ, phía sau Mộ có một chiếc gương đá hình tròn trên cho bức phù điêu chân dung chị. Tấm bia bằng đá Granit được khắc chỉn chu chôn ở đầu mộ. Những viên đá xây tường, lát nền được thuê đục từ Bà Rịa chở ra. Hai bia cũ không phá đi mà chỉ dựng cạnh mộ mới. Khách thăm quan thấy mộ Chị hiện có ba tấm bia.
Chúng tôi cử một người trách nhiệm nhất, mỗi buổi sáng lại thắp hương trên mộ Chị. Tất cả những thuyền bè qua đây, khách qua thăm đảo đều đến thắp hương với hoa quả bánh kẹo. Gần như ngày nào cũng được hưởng lộc của Chị: hoa quả, bánh trái…Chị đã không trừng phạt chúng tôi, mà còn ban lộc.
Chính những người xây đề xuất trồng một cây Lêkima lấy giống từ quê Đất Đỏ vào vị trí cây dương đã chết khô, không trồng cây dương mới nữa. Kiến nghị đưa thực thi.